尝试用字节的Traecode分析单细胞类器官数据,结果把电脑跑崩了。。。。
起因是DS涨价实在肉疼,价格调整后费用指数级增长,开始找其它出路了。不过跑着跑着我的工作站就崩了,也不是Traecode的锅,还是不推荐用自己的电脑做生信,记得考虑足够支持你完成硕博生涯的共享服务器

这是个windows的IDE,下载安装步骤想必不用教了,值得一提的是,Traecode支持通过宇宙第一IDE——Vs code导入偏好设置

分为solo模式和IDE模式,前者就跟豆包对话APP类似,后者类似IDE可以管理项目和代码

大家可以通过通过这个链接注册登录,新注册用户可一次性获得 5000 积分:
https://www.trae.cn/work-fission/JKENX6ND9MFN?utm_source=copy_link&utm_medium=friends_invite
难道说不能即时联网检索,是从语料库里扒的?其它数据都太老了,选个类器官吧

选python,效率高一些,毕竟是在工作站上跑

自动执行:

用起来感觉像有IDE版本的claude,执行任务的途中还是会反复跟你确认一些基础命令。只不过从命令行换成了确认窗口。有没有用过的同学交流下如何能像claude一样绕过频繁的请求:一招教你跳过Claude频繁请求确认,实测安全有效

缺少扩展也会提示你:

配置好环境后就可以自动在IDE里生成脚本、打开脚本到IDE(只是给你看)并且运后台行:

然后我的电脑就死机了。。。重启后意识到我的电脑只有96GB内存,不敢太狂,还是让它监控下内存(不推荐用自己的电脑做生信)

随后开始监控内存并运行任务,任务结束后会提示我们进行审查

AI比人还会偷懒,v1输出的图片完全就没有什么内容:

果然,指望零交互完成这个分析还是比较困难的,下一个新指令强调下必须和原文一样:
请你阅读原文,按照参考严格复现,你现在做的分析与原文完全不一致:
Comparative analysis and refinement of human PSC-derived kidney organoid differentiation with single cell transcriptomics - PMC
给他出点难题吧,毕竟本地的内存不太够,不敢用R的Seurat去挑战,python会节省一些内存,并且计算效率更高。这里选择用python环境的scanpy去对齐原文的参数。

好消息是它自动帮我解决了很多奔溃问题,但问题是我自己跑python单细胞的时候也没遇到过这么多bug呀

上述一共花了一千多积分吧,生成了新一轮的脚本和结果,总体细胞注释和marker结果可视化做的比较拉,肾小管和肾小球的细胞类型几乎无法区分,甚至注释的细胞类型还有概念上的混淆,应该是不能直接放在文章中了。

给大家上传到百度云了:

通过网盘分享的文件:Traecode分析单细胞类器官数据
链接:https://pan.baidu.com/s/1KShKyK_AHolniwfJuzNucA
提取码可联系客服Biomamba_zhushou获取

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